1967 wurde nach 9 Jahren grundlegender statischer Sicherung des Gebäudes das Kircheninnere nur provisorisch eingerichtet. Damit wollte man zunächst Erfahrungen mit den Richtlinien der durch das Zweite Vatikanische Konzil (1962-65) erneuerten Liturgie erproben.
1997 begannen erste Überlegungen zur anstehenden Renovierung und Gestaltung des Kircheninnern.
2002 wurde nach Absprachen mit den Vertretern der Bischöflichen Baubehörde und dem Amt für Kirchliche Denkmalpflege von den Räten der Pfarrgemeinde ein Grundkonzept verabschiedet.

Der Hochchor soll als Taufort gestaltet werden, der Altar in der Mitte der Vierung zur Aufstellung kommen und der Ambo an das obere Ende der Treppenanlage im Hauptschiff.
Die Grabanlage des Apostels Matthias soll an ihre ursprüngliche Stelle im Hauptschiff verlegt und als Ort gestaltet werden, der auch für das persönliche Gebet geeignet ist.
Die Bischofsgräber in der Krypta werden durch eine optische Verbindung im Bereich der Stufenanlage und durch die Verlegung der Kryptaabgänge stärker präsent werden.
Zwischen Altar und Matthiasgrab, sowie in den Querhausarmen soll Platz für Mönche und Gemeinde geschaffen werden. Dafür wird ein 1848 abgerissener Kryptateil wiederhergestellt.